生体医工学科では，体験型自律創造学習プログラム（Problem based Learning：PBL）を教育の中核に据えています．１年生から3年生にかけて継続的に実施する学習プログラムで，５～６名のグループに分かれ，実践的な課題に対して調査・実験・仮説検証などを行い，その結果について検討・評価・発表を行います．グループワークを通して，個人の自主性や問題解決力を養うだけではなく，社会人として必要な協調性やコミュニケーション能力を磨いていきます．２年生までにキャリア形成の基盤となる知識や考え方を学び，３年生までに研究に必要な基本的な姿勢や知識を身に付けます．
プロジェクトI，プロジェクトII (1年生)
プロジェクトI，プロジェクトIIでは自ら課題を設定し，その課題について情報収集し深く掘り下げていきます．
これはエンジニアとしてだけで無く一人の社会人として生き抜くために必要となる情報を収集，解析するための力を養います．
プロジェクトIII，プロジェクトIV (2年生)
ここでは設定した課題に対して，どのようなアプローチによって答えを導き出していくか「問題解決方法」を学びます．ここでは少人数のグループワークを通じてコミュニケーション能力やディスカッション能力を養います．
プロジェクトV (3年生春学期)
ここでは物理学、医学、脳科学、工学の各テーマについて実験を行います．
プロジェクトVI〜卒業研究
3年生の秋学期(後期)から研究室に所属し研究を始めます．これまでに「睡眠時の脳波や血流を調べて快適な寝具を研究する」，「蝶のはばたきを調査・観察して、蝶型の飛行ロボットを製作する」など，現実的・実践的なケーススタディを通じて，総合的な能力を育成しています．